Jean-Claude Berutti suit des études au Théâtre National de Strasbourg, puis crée un premier spectacle au Théâtre de la Cité Internationale.
Il entame ensuite une carrière en solitaire et en itinérance de la France à la Russie en passant par la Belgique, l’Espagne et l’Allemagne. Il oscille ainsi entre scènes nationales et théâtres plus modestes, ce qui lui permet d’acquérir davantage d’expérience.
De 1995 à 2001 il travaille plus particulièrement au Théâtre Nationale de Belgique.
C’est en 1997 qu’il est appelé à la direction artistique du Théâtre du Peuple, où il tend à pérenniser la mise en scène de textes d’auteurs contemporains. L’amitié qu’il partage avec François Rancillac, un de ses prédécesseurs au Théâtre du Peuple, les pousse à partir de 2002 à codiriger la Comédie de Saint Etienne, cherchant à redonner sens aux principes de son fondateur Jean Dasté. Depuis novembre 2005 il préside la Convention Théâtrale Européenne, qui consiste en un groupement de plus de quarante théâtres conventionnés par les pouvoirs publics dans vingt-deux pays d’Europe.
En 2006, la Comédie Française l’invite à créer Les temps Difficiles d’Edouard Bourdet au Théâtre du Vieux Colombier. Jean-Claude Berutti est aussi un acteur, c’est pourquoi en 2008, il reprend Confidence Africaine de Roger Martin Du Gard à la Comédie de Saint Etienne. Pour les deux dernières années de son mandat Jean-Claude Berutti dirige seul la Comédie de Saint Etienne, François Rancillac ayant été nommé à la direction du Théâtre de l’Aquarium à Paris. Il entreprend alors une création internationale ouverte sur l’Afrique et sur l’Europe. Il réunit par ailleurs pour la saison 2010-2011 une troupe de comédiens issus de différents pays d’Europe avec lesquels il monte McBeth d’après Shakespeare de Heiner Muller. Outre son attachement pour le théâtre Jean-Claude Berutti est régulièrement invité dans de prestigieuses maisons d’opéra en France et en Europe. Depuis 2011 il est redevenu metteur en scène indépendant.